С 1985 года началось производство мотоцикла «Иж Юпитер-5» с двигателем, мощность которого, по сравнению с предыдущей моделью Иж Юпитер-4 была снижена с 28 до 24 л.с., но крутящий момент вырос до 3,5 кгс*м (при более низких оборотах). Изменилось оребрение цилиндров и головок, крепление выпускных труб к цилиндрам (стало фланцевым). Появилась кнопка «аварийного запуска», замыкающая обмотку возбуждения генератора на «массу» минуя реле напряжения, при запуске с подсевшим аккумулятором. Остальные потребители не зависят от этой кнопки. Крепление руля стало эластичным, передний тормоз двухкулачковым. В 1988 году модель получила новую внешность: бензобак, облицовки и приборный щиток.
Последние модификации ИЖ Юпитер-5 оборудованы двигателем ИЖ Ю-5 с жидкостной системой охлаждения и мощностью 25 л.с. Использование этой системы даёт возможность снизить расход топлива, уменьшить уровень шума и обеспечивает устойчивую работу двигателя.
Мотоцикл сохранял экипажную часть мотоцикла «Иж-56», но имел совершенно новый мотор — двухцилиндровый, двухтактный двигатель воздушного охлаждения с возвратно-петлевой двухструйной продувкой, с приготовлением рабочей смеси в карбюраторе и воспламенением ее в цилиндре от электрической искры. Педаль ножного переключения передач и педаль кикстартера расположены с левой стороны картера коробки передач. «Иж-Юпитер», как и все последующие двухцилиндровые модели, оснащался механизмом автоматического выключения сцепления.
